これは、私がすぐにカナ系に行かず、行段系のMyst配列(旧eszett)を作った理由の一つでもあります。
しかし、カナ系を試してみてからは、その点にはほとんど違和感がなく、驚いています。
むしろ、「1動作で画面上に表示される文字数が常に1つ」ということがメリットに感じられました。
発音との一致という意味では、拗音・外来音の分離は発音と少し離れてしまうのでその点ではデメリットと言えます。
しかし、打鍵のレスポンスとして必ず1文字が出力されるというのは自然な印象で、充分大きなメリットと言えそうな気がします。
逆に言えば、拗音・外来音を1動作化することは、1動作で画面上に表示される文字数が1〜2になってしまう、ということでもあります。
さらに“入力規則が単純になる”というメリットがあることを考えると、[ぁぃぅぇぉゃゅょ]は1打で打つというのはやはり理に適っているように思いました。
その上で“思考発音”に近づけるために“倍速打鍵の適用”をするというのもまた、理に適っているように思います。